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Bio-informatique

Des nouvelles technologies d'analyse

La plateforme de bio-informatique assure l'analyse des données de génomique et de protéomique issues de la recherche fondamentale et clinique, ainsi que l'informatisation des plateformes de génomique et de protéomique.

En collaboration avec les chercheurs fondamentalistes et cliniciens, la bio-informatique conçoit et met en application les méthodes d'analyse, les programmes et outils informatiques nécessaires à l'établissement de profils moléculaires des ARN messagers et des protéines, à la caractérisation de nouveaux gènes, à l'élucidation de fonctions biologiques des gènes, à l'identification de cibles thérapeutiques, ainsi que l'élaboration d'outils de détection et de diagnostic, tout en supportant les études génétiques de populations et de pharmacogénomique. Ces informations, issues des nouvelles technologies en génomique et en protéomique, ouvrent la voie à une approche nouvelle de la médecine individualisée.

Intégration des données de recherche

La conception d'outils d'analyse s'appuie à son tour sur des bases de données et des outils logiciels créés à l’interne et permettant l'intégration des nouvelles données avec l'immense ensemble de données publiques en génomique et protéomique (séquences de génomes, structures de protéines, classifications fonctionnelles...). Les activités de recherche propres à la bio-informatique portent sur l'intégration de données de sources multiples, l'annotation de génomes, l'analyse d'expression des gènes (puces Affymetrix et à oligos, RT-PCR quantitatif, banques d'EST, SAGE), les statistiques d'analyse en génomique, l'identification de protéines par spectrométrie de masse, le calcul distribué et les technologies du web sémantique.

Systèmes intégrés de gestion de données de laboratoire (LIMS)

L'informatisation des plateformes du centre de génomique consiste en la création de systèmes intégrés de gestion de données de laboratoire (LIMS), de pipelines automatisés d'analyse, d'outils de planification d'expériences et d'interfaces pour les gestionnaires et les clients des plateformes technologiques.

Les besoins en bio-informatique font appel à des compétences dans des domaines théoriques et appliqués multiples, tel qu’ingénieurs, biologistes, programmeurs, statisticiens et mathématiciens, tous travaillant en lien étroit avec le personnel de recherche.